| Institut for Plantebiologi og Bioteknologi
45 % Institut for Grundvidenskab og Miljø 21 % Institut for Basal Husdyr- og Veterinærvidenskab 17 % Institut for Veterinær Sygdomsbiologi 17 % | |||||||||||||||||
| English title | Bioinformatics 1 | ||||||||||||||||
| Tidligst mulig placering | Bachelor 3. år | ||||||||||||||||
| Varighed | En blok | ||||||||||||||||
| Pointværdi | 7.5 (ECTS) | ||||||||||||||||
| Kursustype | Bachelorkursus | ||||||||||||||||
| Eksamen | Sluteksamen skriftlig prøve Skriftlig auditorieeksamen Alle hjælpemidler tilladt Beskrivelse af eksamen: 4 timers skriftlig eksamen Vægtning: Skr.eksamen: 100% 7-trinsskala, intern censur Eksamensdatoer: 29. oktober 2009 | ||||||||||||||||
| Forudsætninger for indstilling til eksamen | Min. 6 ud af de 8 rapporter skal være afleveret og godkendt. | ||||||||||||||||
| Rammer for undervisning | KURSET UDBYDES IKKE I STUDIEÅRET 2009-10 per uge: 2x 2 forelæsninger, 2x 2 computerøvelsestimer, 2 kollokvier, 2 rapportskrivning | ||||||||||||||||
| Blokplacering | Blok 1 Ugestruktur: C 1.øvelse/3.dag (i ugen): 13:00-16:00 2.øvelse, 2.dag. (i ugen): 13:00 - 15:00 | ||||||||||||||||
| Undervisningssprog | Dansk | ||||||||||||||||
| Begrænset deltagerantal | 40 | ||||||||||||||||
| Kursusindhold | |||||||||||||||||
| Kursusindhold Kurset er inddelt i uger med DNA analyser, hvor de studerende lærer om molekylære databaser (opbygning, brug, søgning af information), sekvensanalyse (parvis og multiple alignments, BLAST), fylogeni, computational genomanalyse og sekvensmotiver. Dernæst undervises i transcriptomanalyse ved microarray og pyrosekventering og transcriptomdata på nettet. Massespektrometri til identifikation af proteiner og prediktionsværktøjer til subcellulærlokalisering af proteiner vil blive gennemgået. Klassifikation af 3D-proteinstrukturer og komparativ modellering vil blive gennemgået. Computerprogrammet PERL vil blive præsenteret. | |||||||||||||||||
| Undervisningsform | |||||||||||||||||
| Kurset er opbygget af 8 uger, hver med to dobbeltforelæsninger, een 2-timers og een 3 timers computerøvelse, en "journal club" eller "case study", hvor de studerende gennemgår relevante artikler eller cases, samt dels løbende dels een time til rapportskrivning. | |||||||||||||||||
| Målbeskrivelse | |||||||||||||||||
| Målbeskrivelse: Kursets mål er at uddanne de studerende til at forstå grundlæggende bioinformatiske metoder, samt teknologierne inden for genom-, transkriptom- og proteomanalyse. Desuden opbygges en grundlæggende viden om proteinstruktur og -modellering. De studerende bringes derved i stand til at de udnytte de enorme tilgængelige datamængder til at opnå biologisk viden og til at kunne forholde sig kritisk til de opnåede resultater. Når kurset er færdigt forventes den studerende at kunne: Viden: -beskrive opbygning af molekylære og proteinstrukturdatabaser, herunder kendskab til eksisterende databaser. -beskrive grundlæggende love og principper for de mest udbredte bioinformatiske metoder til parvis og multiple sekvenssammenligning, fylogeni, detektion af sekvensmotiver (herunder f.eks. bindingsites i promotorer) -dokumentere kendskab til script sproget PERL -beskrive principper for metoder til at generere transcriptomics data, herunder mikroarray og pyrosekventering -beskrive principper for metoder til at generere proteomics data -beskrive grundlæggende principper for klassifikation af proteiner 3D strukturer og -modelling Færdigheder: - søge viden i eksisterende databaser - udføre parvise og multiple sammenligninger af sekvenser - fremstille og forstå fylogenetiske træer - søge efter og identificere sekvensmotiver - søge viden i og bruge eksisterende transcriptomics databaser - søge viden i og bruge eksisterende proteomics databaser - fremstille 3D-strukturer baseret på computerbaseret (homologi) modelling Kompetencer: Samarbejde med medstuderende om gennemførsel og afrapportering af bioinformatiske computerøvelser og cases. | |||||||||||||||||
| Litteraturhenvisninger | |||||||||||||||||
| Oplyses senest 1 uge før kursusstart | |||||||||||||||||
| Kursusansvarlig | |||||||||||||||||
| Søren Bak, bak@life.ku.dk, Institut for Plantebiologi og Bioteknologi/Plantebiokemisk Laboratorium, Tlf: 35333346 | |||||||||||||||||
| Studienævn | |||||||||||||||||
| Studienævn NSN | |||||||||||||||||
| Kursusbeskrivelsesomfang | |||||||||||||||||
| |||||||||||||||||