| Department of Plant Biology and Biotechnology
45 % Department of Basic Science and Environment 26 % Department of Basic Animal and Veterinary Sciences 12 % Department of Disease Biology 17 % | |||||||||||||||||
| Earliest Possible Year | BSc. 2 year | ||||||||||||||||
| Duration | One block | ||||||||||||||||
| Credits | 7.5 (ECTS) | ||||||||||||||||
| Course Level | BSc | ||||||||||||||||
| Examination | Final Examination written examination Written Exam in Lecturehall All aids allowed Description of Examination: 4 timers skriftlig eksamen Weight: Skr.eksamen: 100% 7-point scale, internal examiner Dates of Exam: 24 January 2009 | ||||||||||||||||
| Requirement For Attending Exam | Min. 6 ud af de 8 rapporter skal være afleveret og godkendt. | ||||||||||||||||
| Organisation of Teaching | per uge: 2x 2 forelæsninger, 2x 2 computerøvelsestimer, 2 kollokvier, 2 rapportskrivning | ||||||||||||||||
| Block Placement | Blok 2 Week Structure: C 1.øvelse/3.dag (i ugen): 13:00-16:00 2.øvelse, 2.dag. (i ugen): 13:00 - 15:00 | ||||||||||||||||
| Teaching Language | Danish | ||||||||||||||||
| Restrictions | 40 | ||||||||||||||||
| Course Contents | |||||||||||||||||
| Kursusindhold Kurset er inddelt i uger med DNA analyser, hvor de studerende lærer om molekylære databaser (opbygning, brug, søgning af information), sekvensanalyse (parvis og mutiple alignments, BLAST), fylogeni, computational genomanalyse og sekvensmotiver. Dernæst undervises i transcriptomanalyse ved microarray og pyrosekventering og transcriptom data på nettet. Massespektrometri til identifikation af proteiner og prediktionsværktøjer til subcellulærlokalisering af proteiner vil blive gennemgået. Klassifikation af 3D-proteinstrukturer og komparativ modellering vil blive gennemgået. Computerprogrammet PERL vil blive præsenteret. | |||||||||||||||||
| Teaching And Learning Methods | |||||||||||||||||
| Kurset er opbygget af 8 uger, hver med to dobbeltforelæsninger, een 2-timers og een 3 timers computerøvelse, en "journal club" eller "case study", hvor de studerende gennemgår relevante artikler eller cases, samt dels løbende dels een time til rapportskrivning. | |||||||||||||||||
| Learning Outcome | |||||||||||||||||
| Målbeskrivelse: Kursets mål er at uddanne de studerende til at forstå grundlæggende bioinformatiske metoder, samt teknologierne inden for genom-, transkriptom- og proteomanalyse. Desuden opbygges en grundlæggende viden om proteinstruktur og -modellering. De studerende bringes derved i stand til at de udnytte de enorme tilgængelige datamængder til at opnå biologisk viden og til at kunne forholde sig kritisk til de opnåede resultater. Når kurset er færdigt forventes den studerende at kunne: Viden: -beskrive opbygning af molekylære og proteinstrukturdatabaser, herunder kendskab til eksisterende databaser. -beskrive grundlæggende love og principper for de mest udbredte bioinformatiske metoder til parvis og multiple sekvenssammenligning, fylogeni, detektion af sekvensmotiver (herunder f.eks. bindingsites i promotorer) -dokumentere kendskab til script sproget PERL -beskrive principper for metoder til at generere transcriptomics data -beskrive principper for metoder til at generere proteomics data -beskrive grundlæggende principper for klassifikation af proteiner 3D strukturer og -modelling Færdigheder: - søge viden i eksisterende databaser - udføre parvise og multiple sammenligninger af sekvenser - fremstille og forstå fylogenetiske træer - søge efter og identificere sekvensmotiver - søge viden i og bruge eksisterende transcriptomics databaser - søge viden i og bruge eksisterende proteomics databaser - fremstille 3D-strukturer baseret på computerbaseret (homologi) modelling Kompetencer: Samarbejde med medstuderende om gennemførsel og afrapportering af bioinformatiske computerøvelser og cases. | |||||||||||||||||
| Course Litterature | |||||||||||||||||
| Oplyses senest 1 uge før kursusstart | |||||||||||||||||
| Course Coordinator | |||||||||||||||||
| Barbara Ann Halkier, bah@life.ku.dk, Department of Plant Biology and Biotechnology/Plant Biochemistry Laboratory, Phone: 35333342 | |||||||||||||||||
| Study Board | |||||||||||||||||
| Study Committee NSN | |||||||||||||||||
| Course Scope | |||||||||||||||||
| |||||||||||||||||